Paralelamente ao uso da água, existe a questão do tratamento de águas residuais, que precisa de ser tratado adequadamente. Sem um tratamento adequado antes de ser descarregada, as águas residuais podem afetar o meio ambiente do destino, assim como a água subterrânea, a saúde dos residentes, a vida selvagem e os turistas. As águas residuais têm origem em várias partes das instalações turísticas. As fontes mais comuns são cozinhas, restaurantes, instalações sanitárias, housekeeping e lavandarias. Especialmente durante a época alta, a quantidade de águas residuais aumenta, tornando a gestão deste potencial risco ainda mais importante. Para possibilitar um planeamento e a melhoria da gestão de águas residuais, a monitorização de indicadores pode ajudar a medir e prever, por exemplo, as quantidades de águas residuais geradas pelo turismo.

Para a área temática da gestão de águas residuais serão monitorizados indicadores de acordo com a estratégia nacional de monitorização da atividade turística.